Српска страна је негирала кривицу, тврдећи да је трагедију 5. фебруара 1994. године инсценирала влада у Сарајеву под контролом лидера Странке демократске акције Алије Изетбеговића.
Тадашњи командант УНПРОФОР-а, генерал Мајкл Роуз, изјавио је да не може да се утврди одакле је граната испаљена.
Каснији и темељитији извештај УНПРОФОР-а, открио је грешку у првобитним налазима.
Република Српска је од УНПРОФОР-а затражила оснивање истражног тима у коме би били заступљени припадници Војске Републике Српске и снага под контролом Алије Изетбеговића, али је тај приједлог одбачен.
Никада није спроведена независна истрага о том нападу, као ни послије експлозије готово на истом мјесту крајем августа 1995, која је послужила као покриће за масовне нападе авијације НАТО-а на Републику Српску.
Некадашњи специјални изасланик УН Јасуши Акаши, изјавио је 2011. године, да је још нејасно ко је починио масакр на пијаци Маркале 1994. године.