Prvi napad dogodio se 5. februara 1994. godine kada je 68 ljudi ubijeno, a 144 ranjeno. Drugi se dogodio 28. augusta 1995. godine, a ubijene su 43 osobe, dok je ranjeno 84.
Ova dva strašna napada na sopstvene civile koje su izvele muslimanske snage izazvale su gnev i ogorčenje zapadnog sveta.
Drugi napad bio je direktan povod za zločinačku i divljačku NATO agresiju na Republiku Srpsku.
Srpska strana je uzalud dokazivala i negirala krivicu, tvrdeći da je tragediju inscenirala vlada u Sarajevu pod kontrolom lidera muslimana Alije Izetbegovića.
Nikada nije sprovedena nezavisna istraga o ovim zločinima, ali su haške presude okrivile Vojsku Republike Srpske.
U Haškom tribunalu postoje dokazi da Srbi nisu počinili taj zločin, kao i nalaz balističara, koji je rađen u saradnji sa kolegama iz Amerike, Francuske, Nemačke, Češke i Izraela, koji potvrđuje da je fizički bilo nemoguće da granata doleti sa položaja koje su držali Srbi.
Zaštićeni svedok u Haškom tribunalu, koji je bio telohranitelj Alije Izetbegovića i za čije svedočenje postoji transkript, rekao da je čuo razgovor između ratnog lidera bosanskih muslimana i bivšeg islamskog verskog poglavara Mustafe Cerića da se sprema masakr na Markalama.
U toku suđenja ratnom komandantu Glavnog štaba Vojske Republike Srpske generalu Ratku Mladiću u Hagu, svedok je rekao da su napad na Markalama organizovali Izetbegović i Cerić, a sproveli generali takozvane Armije BiH.
Svedok pod pseudonimom "GRM-116" ispričao je da je od 1992. do 1994. godine bio pripadnik specijalne jedinice "Biseri", u obezbeđenju Predsedništva tadašnje BiH i da je bio prisutan kada je Izetbegović odobrio napad na Markale.
On je naveo da je ideja potekla od Cerića, koji je imao najsnažniji uticaj na Izetbegovića, a sproveli su je generali Sefer Halilović i Mustafa Hajrulahović zvani Talijan.I u izveštaju Švajcarske federalne obaveštajne službe o devedesetim godinama prošlog veka, koji je prošle godine dospeo na svetlo dana, navodi se da su Bošnjaci režirali masakr nad civilima na pijaci Markale.
I OFICIRI UN POTVRDILI: MASAKR IZVELE MUSLIMANSKE SNAGE
Doajen nemačke spoljne politike Vili Vimer, član Hrišćansko-demokratske unije, kaže da se u ovom materijalu navodi spisak propagandnih primera kojima su mediji stvarali okvir za rat u Jugoslaviji i kojima su tako duboko uticali na javno mnjenje o suštini i karakteru tog sukoba.
Što se "Markala" tiče, Vimer napominje da švajcarska obaveštajna služba u izveštaju podseća da su "u ovom kao, i nekim narednim slučajevima, oficiri misije UN zaključili da su masakr, najverovatnije, sprovele bosanske vojne snage, i to prema sopstvenom stanovništvu".
Švajcarci ukazuju i na to da se u ratnoj strategiji ovaj zahvat naziva "napad pod lažnom zastavom". Advokat Branko Lukić, branilac generala Ratka Mladića, potvrdio je ranije da su u Haškom tribunalu planski oštećeni materijali koji idu u prilog srpskim optuženicima, a jedan od primera je uništavanje dokaza kako bi Srbe osudili za eksploziju na sarajevskoj pijaci "Markale".